约瑟夫-艾伦在哈佛大学负责一个重要的公共卫生研究项目，探究室内空气质量如何影响人类健康和认知。他为公司提供通风和空气过滤方面的咨询，在新冠疫情大流行期间，他成为公共卫生方面的知名人士，撰写了几十篇专栏文章，批评卫生当局的早期指导，并揭穿了关于病毒传播的误解。

　　约瑟夫-艾伦在哈佛大学陈氏公共卫生学院指导健康建筑项目，研究家具、地毯和油漆排放的有毒气体的影响。艾伦和其他人多年的研究表明，建筑物中流通不畅的空气会损害我们清晰，创造性地思考能力。考虑到我们一生中90%以上时间是在室内度过，这些发现对个人幸福感有影响，也对关注其底线的企业有影响。

　　当COVID-19大流行到来时，以前深奥的室内空气质量领域突然成为广泛关注的焦点。约瑟夫-艾伦和他的同事为学校系统、警察部门、娱乐公司、波士顿交响乐团和许多其他实体提供建议，告诉他们如何在大流行期间和之后使室内空气更健康。在多年的系列实验中，艾伦和他的团队进行了很多研究和实验。在2015年发表的第一项研究中，他们让24名白领志愿者在雪城大学室内环境质量总实验室的环境控制办公空间中度过了六个工作日。在不同的日子里，实验者会改变通风率以及二氧化碳和挥发性有机化合物的水平。每天下午，志愿者们都要接受分析性思考和应对危机的能力测试。所有测试都是双盲的。志愿者和研究人员都不知道当天的环境条件。

　　结果是戏剧性的。当志愿者在通风良好的条件下工作时（降低了二氧化碳和挥发性有机化合物的水平），他们的得分比在典型的办公大楼条件下工作时高61%。当他们在最清洁的条件下工作时，二氧化碳水平更低，通风率更高，他们的分数攀升了101%。

　　为了弄清这些结果在现实世界中是否成立，艾伦和他的团队从美国的10座办公大楼中招募了109名志愿者。其中六栋已经进行了装修，以创造更好的热量和湿度控制，改善通风，并减少有毒材料的使用。四栋则没有。艾伦的团队给每个办公人员配备了一个类似Fitbit的手环，以记录心率、皮肤温度、睡眠模式和其他健康的生理迹象。参与实验者每天还完成了一项调查，了解他们的感觉有多舒适，以及他们是否出现嗜睡或头痛等症状。在一周结束的时候，他们进行了认知测试。通风良好和室内污染水平较低的建筑中的受试者得分比未改善的建筑中的受试者高26.4%。受试者还报告说睡得更好，并出现了更少的病态症状。